Quando il papa rifiutò di aderire all’embargo nei confronti dell’Inghilterra Napoleone fece occupare Roma (febbraio 1808) e il 7 maggio 1809 ordinò l’annessione dello Stato Pontificio all’Impero francese. Il papa scomunicò Napoleone, che lo fece arrestare e condurre prigioniero in Francia.
Nello stesso periodo, approfittando del consenso spagnolo al passaggio delle truppe francesi verso il Portogallo che ancora commerciava con l’Inghilterra, Napoleone penetrò nella penisola iberica.
La guerriglia spagnola
Nel 1808, sfruttando un contrasto nella famiglia reale spagnola tra il re Carlo IV e il figlio, il principe delle Asturie Ferdinando, Napoleone costrinse entrambi ad abdicare e mise sul trono di Spagna il fratello Giuseppe Bonaparte, mentre al maresciallo e cognato Gioacchino Murat affidò il Regno di Napoli. Giuseppe arrivò a Madrid il 20 luglio 1808. Nel frattempo la Spagna era in rivolta: la popolazione oppose una forte resistenza contro l’occupazione francese, dando vita a una sanguinosa guerriglia che mise in grave difficoltà l’esercito occupante. Oltre alle milizie arruolate dalle giunte locali e ai guerriglieri, vi era in Spagna anche un numeroso esercito regolare, che poteva mettere in pericolo l’armata francese.
Le truppe francesi avevano invaso e conquistato il Portogallo, ma la situazione divenne presto problematica. I britannici, infatti, fecero sbarcare in Portogallo truppe al comando del generale sir Arthur Wellesley, futuro duca di Wellington, che riuscì a liberare il Portogallo.
Le vittorie del generale inglese Wellington in Portogallo e la critica situazione in Spagna, dove il fratello Giuseppe era stato costretto ad abbandonare Madrid, costrinsero Napoleone ad assumere personalmente il comando della Grande Armée in Spagna, per riconquistare Madrid e per rendere stabile il dominio francese.
L’imperatore intervenne con una parte della Grande Armata e il 4 dicembre, dopo una rapida e vittoriosa campagna, entrò a Madrid con le sue truppe. Napoleone non riuscì tuttavia a eliminare la resistenza nazionalistica spagnola né a distruggere il corpo di spedizione britannico in Portogallo, passato al comando del generale John Moore, che riuscì a evacuare la penisola iberica via mare.
La Spagna rimase quindi una spina nel fianco. L’imperatore, che poco tempo dopo dovette tornare a Parigi a causa delle notizie di una nuova coalizione antifrancese in fase di organizzazione, fu costretto a lasciare nella penisola iberica una consistente parte del suo esercito.
La quinta coalizione
Nell’aprile del 1809 si costituì la quinta coalizione antinapoleonica, un’alleanza fra Impero austriaco e Regno Unito più altre potenze minori. Il Regno Unito, che appoggiava le forze antifrancesi in Spagna e in Portogallo, si trovava già da tempo in guerra con la Francia. L’Austria, viste le difficoltà francesi in Spagna, confidò nella possibilità di modificare la situazione sfavorevole creatasi dopo le precedenti sconfitte e si preparò alla guerra.
Lo scontro tra i due eserciti iniziò il 10 aprile 1809 con l’invasione della Baviera, alleata della Francia, da parte dell’esercito austriaco dell’arciduca Carlo d’Asburgo-Teschen.
Napoleone, nonostante fosse stato colto parzialmente di sorpresa dall’improvviso e anticipato attacco austriaco in Baviera, seppe riprendere rapidamente il controllo della situazione e, con una serie di abili manovre, disgregò e sconfisse progressivamente l’armata comandata dall’arciduca Carlo. Dopo essere stato battuto in una serie di combattimenti iniziali, l’esercito austriaco rischiò di essere accerchiato e distrutto durante la battaglia di Eckmühl, combattuta tra il 21 e il 22 aprile 1809 nei pressi del villaggio omonimo, in Baviera. Gli Austriaci riuscirono a ripiegare a Nord del Danubio, attraverso il ponte di Ratisbona evitando la distruzione. Successivamente Napoleone si diresse su Vienna e la occupò il 12 maggio 1809.
La battaglia di Wagram
Dopo un parziale insuccesso nella battaglia di Aspern-Essling (21 – 22 maggio), Napoleone ottenne infine la vittoria decisiva sugli Austriaci nella battaglia di Wagram (5 – 6 luglio 1809).
La battaglia di Wagram, che coinvolse circa 300.000 soldati, fu combattuta a Nord del Danubio, di fronte all’isola di Lobau, nella piana del Marchfeld, attorno al villaggio di Deutsch-Wagram. Napoleone modificò il suo schieramento in piena battaglia e impiegò una grande concentrazione di artiglieria per indebolire le difese nemiche.
Pur con gravi perdite, la battaglia si concluse con una decisiva vittoria delle truppe francesi e l’esercito austriaco fu costretto a ritirarsi.
Dopo pochi giorni venne concluso un armistizio che fu seguito dal trattato di Schönbrunn (14 ottobre 1809) che sancì la sconfitta dell’Austria, costretta a cedere ulteriori territori.
Tra le operazioni minori del conflitto, le truppe britanniche lanciarono una fallimentare invasione dei Paesi Bassi, mentre una rivolta anti-francese nel Tirolo promossa dal leader locale Andreas Hofer fu repressa nel sangue dalle truppe franco-bavaresi.
Nel 1808, sfruttando un contrasto nella famiglia reale spagnola tra il re Carlo IV e il figlio, il principe delle Asturie Ferdinando, Napoleone costrinse entrambi ad abdicare e mise sul trono di Spagna il fratello Giuseppe Bonaparte, mentre al maresciallo e cognato Gioacchino Murat affidò il Regno di Napoli. Giuseppe arrivò a Madrid il 20 luglio 1808. Nel frattempo la Spagna era in rivolta: la popolazione oppose una forte resistenza contro l’occupazione francese, dando vita a una sanguinosa guerriglia che mise in grave difficoltà l’esercito occupante. Oltre alle milizie arruolate dalle giunte locali e ai guerriglieri, vi era in Spagna anche un numeroso esercito regolare, che poteva mettere in pericolo l’armata francese. 
Dopo un parziale insuccesso nella battaglia di Aspern-Essling (21 – 22 maggio), Napoleone ottenne infine la vittoria decisiva sugli Austriaci nella battaglia di Wagram (5 – 6 luglio 1809).
